Bryan Singer revient avec une nouvelle génération de mutants. Xavier, Beast et Mystique sont rejoints par des personnages connus (Cyclops, Jean Grey, Nightcrawler...) qui tombent à pic puisqu'à l'inverse de cette jeunesse réapparaît un mal ancien que l'humanité avait oublié : Apocalypse, le "premier mutant" s'éveille d'un sommeil millénaire et commence à réunir ses cavaliers dans le but d'anéantir une bonne partie du monde et de régner sur l'autre.