Tout le monde n'a pas eu la chance, comme Charles Xavier, d'être un mutant élevé dans le confort. D'autres ont souffert dès l'enfance, ont été torturés, pourchassés, que ce soit pour leurs pouvoirs ou leur physique. Certains sont passés du mauvais côté et s'apprêtent à détruire la race humaine. Nous sommes en 1962 et Charles Xavier doit faire face à l'apparition de mauvais mutants. Heureusement que le jeune Professeur X peut compte sur l'aide de son ami Erik Lehnsherr, alias Magneto...