Le district 13 de la police de Gotham est très particulier. Cette section a été mise en place par le Commissaire Gordon pour enquêter sur les autres crimes de la ville. Ceux qui demandent une autre expertise qu'un super-héros ou un simple détective. Gotham By Midnight, c'est Gotham telle qu'arpentée par Jim Corrigan, l'alter ego du Spectre. Et Minuit n'est décidément pas que l'heure du crime...